如果增值税普通发票和特种发票跨年不允许作废，可以开红字发票号,如您所说，贵司发现发票(2009年发行，扣款期90天)已经超过90天，卖家无法退回发票跨年发票可以用红墨水核销,中华人民共和国发票管理办法及其实施细则发票第二十七条发布后，如遇销售退回需用红色书写发票，必须收回发票原件。
退回增值税普通发票超过一年的可以去地税局让他们补办增值税普通发票。普通增值税发票是指将除商业零售以外的普通增值税纳税人的开具和管理纳入增值税防伪税控系统，即普通纳税人可以使用同一套增值税防伪税控系统开具专用增值税发票和普通增值税发票，俗称“一机多票”。可以通过两种方式处理:一是贵司出具的发票如果已经被对方认证扣款，贵司可以出具同意退货的证明，买方向国税局申请红字发票，贵司凭买方税务机关出具的通知书开具红字/123459-1/。如果你公司开具的发票没有开具抵扣证明，买方只能以普通发票的方式录入，进项税不能开具抵扣证明，也不能开具红色发票。
增值税专用发票如果没有，有以下三种情况:1。如果当月发现并与退回合并，卖家可以直接作废，重新补发发票2。如果在扣除期(2000年)内发现，买方或卖方可以用红色发票向税务局提出申请，经批准后，卖方可以先开具红色发票再开具正确的发票3。如果发现发票有误，但扣款期限已过。如您所说，贵司发现发票(2009年发行，扣款期90天)已经超过90天，卖家无法退回发票
跨年发票可以用红墨水核销。只要不满足作废条件，跨年 发票，都可以红冲。如果增值税普通发票和特种发票 跨年不允许作废，可以开红字发票号。不同的是，开具专用发票红字发票时，需要到税务局开具“开具红字增值税通知书发票”，而普通发票红字发票。开具红色发票的情况是，在开具增值税发票后，增值税一般纳税人发生了销售退回、开票错误、停止应税服务等情况。但未能满足发票无效宣告的条件，或因销售的部分。中华人民共和国发票管理办法及其实施细则发票第二十七条发布后，如遇销售退回需用红色书写发票，必须收回发票原件。发票开出后，如遇销售折扣，必须收回发票原件并注明“作废”，销售发票或红字发票必须在取得对方有效凭证后开出。
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