应自开具之日起360日内确认认证或登录增值税发票并在规定的纳税申报期内向主管税务机关申报进项税额抵扣,国税系统升级了，过了认证才能扣,三证-3/后，公司税号变更为18位，不符合认证的要求,因为三证合一转换后纳税人识别号会发生变化，所以发票的税务登记号可能与认证时不匹配，所以不能抵扣,三证合一领取旧税号后发票，不能抵扣。
根据《中华人民共和国国家税务总局关于进一步明确增值税征收管理有关问题的公告》(中华人民共和国国家税务总局公告2017年第11号):“九。自2017年7月1日起，增值税一般纳税人发票和机动车统一销售-2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票。应自开具之日起360日内确认认证或登录增值税发票并在规定的纳税申报期内向主管税务机关申报进项税额抵扣。增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应当自开具之日起360日内报送主管税务机关申请审核比对。纳税人2017年6月30日前开具的增值税抵扣凭证仍按《中华人民共和国国家税务总局关于调整增值税抵扣凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)执行。
2、 三证 合一后用老税号开的 发票还可以抵扣吗三证合一领取旧税号后发票，不能抵扣。因为三证 合一转换后纳税人识别号会发生变化，所以发票的税务登记号可能与认证时不匹配，所以不能抵扣，税法规定了税单的领取期限，180天内没有认证就不能抵扣。但是，如果您收到的税单未过期，开票人更改了税号，则认证的税务登记号可能不匹配，必须退回开票人办理新的，国税系统升级了，过了认证才能扣。原因:三证-3/以前公司的税号是15位，三证-3/后，公司税号变更为18位，不符合认证的要求。
