理由根据《中华人民共和国财政部国家税务总局关于农民专业的通知》合作社相关税收政策，农民专业销售本合作社成员生产的农产品合作社视同农业生产者销售自产农产品免征增值税；对增值税一般纳税人从农民特产合作社购进的免税农产品，可按13%的抵扣率计算抵扣的增值税进项税额(自2017年7月1日起为11%),不是所有普通发票，供销社可以抵扣13%,合作社开出的增值税是普通发票可以是13抵扣，因为供销社是初级农产品收购,法律分析:合作社为幼苗发行的通用票抵扣。
合作社开出的增值税是普通发票可以是13 抵扣，因为供销社是初级农产品收购。不是所有普通发票，供销社可以抵扣13%。《增值税实施条例》第八条规定“购进农产品，除取得增值税专用缴款书发票或海关进口增值税专用缴款书外，还应当按照农产品的购进价格和购进发票或销售发票上注明的13%的扣除率计算进项税额。进项税计算公式:进项税=进价×扣除率”。因此，自产免税农产品无论是通过防伪税控系统开具免税商品(服务)发票，还是普通增值税发票，都属于“农产品销售发票”的范围，取得发票的一方可以计算进项税。
法律分析:是的。理由根据《中华人民共和国财政部国家税务总局关于农民专业的通知》合作社相关税收政策，农民专业销售本合作社成员生产的农产品合作社视同农业生产者销售自产农产品免征增值税；对增值税一般纳税人从农民特产合作社购进的免税农产品，可按13%的抵扣率计算抵扣的增值税进项税额(自2017年7月1日起为11%)。因此，对于自产免税农产品开具的免税普通发票，买方可以按照免税发票，扣除率13%(2017年7月1日起为11%)中注明的农产品进价计算抵扣增值税进项税额。法律依据:《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条第(一)项规定，农业生产者销售的自产农产品，免征增值税。对于农民特产合作社销售本合作社成员生产的农产品，视同农业生产者销售自己生产的农产品免征增值税。第二条规定，增值税一般纳税人从农民特产合作社购进的免税农产品，可按13%的抵扣率计算为抵扣增值税进项税额(注:现为9%)。
3、 合作社开具的苗木普票能 抵扣吗?法律分析:合作社为幼苗发行的通用票抵扣。下列项目的进项税额不得计入销项税额/123，456，789-0/:(一)为简易计税项目、免征增值税的项目、集体福利或者个人消费而购买的货物、劳务、无形资产和不动产；(二)外购商品以及相关劳务和运输服务的非正常损失；(3)非正常损失的在产品和产成品耗用的购进货物(不含固定资产)、劳务和运输劳务；(四)国务院规定的其他项目，法律依据:《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条不得计入销项税额/123，456，789-0/:(一)为简易计税而购进的货物、劳务、无形资产和不动产，免征增值税的项目，集体福利或者个人消费；(二)外购商品以及相关劳务和运输服务的非正常损失；(3)非正常损失的在产品和产成品耗用的购进货物(不含固定资产)、劳务和运输劳务；(四)国务院规定的其他项目。
